Das Kloster Lichtenthal verdankt seinen Fortbestand in der Zeit der Säkularisation als einziges badisches Kloster dem Umstand, dass in der „Fürstenkapelle“ die Mitglieder des badischen Hauses zwischen 1288 und 1372 ihre Ruhestätte fanden.
1288 unterzeichnete Markgraf Rudolf I., Sohn der Stifterin Irmengard und Vater der damaligen Äbtissin Adelheid von Baden, die Schenkungsurkunde für das Dorf Geroldsau, die die wirtschaftliche Grundlage seiner Stiftung, der Fürstenkapelle, bestätigte. In dieser Kapelle sollten die Angehörigen der markgräflichen Familie bestattet werden. In der eigentlichen Klosterkirche durften den Ordensstatuten nach nur die Gräber der Stifter sein.
Die Fürstenkapelle erfuhr im Laufe der Jahrhunderte vielfältige Renovationen und Umgestaltungen. Ihre heutige Gestalt erhielt sie bei der Rekonstruktion unter Großherzog Leopold von Baden um 1830. Er gestaltete gemeinsam mit seinem Halbbruder, dem Kuppenheimer Pfarrer Franz-Josef Herr, aus der ehemaligen „Totenkapelle“ für das Haus Baden eine standesgemäße Gedenkstätte. Dazu trug er Kunstschätze aus den aufgehobenen Klöstern des badischen Landes zusammen. Die vorher schmucklose Fassade wurde mit neugotischen Filialen verziert, über dem Eingang wurden von die spätgotischen Stifterfiguren der ehemaligen Klosterkirche Allerheiligen im Schwarzwald aufgestellt: Die Stifterin Uta von Schauenburg und ihr Sohn Gerungus, erster Abt von Allerheiligen.
Im Inneren der Fürstenkapelle befinden sich die Grabmäler unserer Stifterin Irmengard von Baden und eines ihrer Nachfahren, des Ritters Rudolf. Im Chorraum steht der Annenaltar von 1503, rechts und links wurden die Altarbilder des „Lichtenthaler Meisters“, die vorher zum Altar der Nonnenempore der Klosterkirche gehörten, aufgestellt.
In einer Nische im Chorraum befindet sich eine der ältesten Darstellungen des seligen Markgrafen Bernhard von Baden. Seine Tante, Äbtissin Margaretha von Baden, die ihn wohl noch zu Lebzeiten gekannt hatte, gab die Statue 1490 in Auftrag.
Am Fest der heiligen Joachim und Anna, denen die Kapelle geweiht ist, feiert der Konvent dort den Gottesdienst. Vor allem aber am Hausfest der Schlüsselmuttergottes, dem Fest Unserer Lieben Frau von Lichtenthal, am 31. Mai, versammeln sich die Schwestern mit vielen Menschen aus der Umgebung, um vor dem Gnadenbild zu beten.