Im 13. Jahrhundert kam es zu einer gewaltigen religiösen Frauenbewegung, die zuerst im Beginentum ihren Ausdruck fand, aber oftmals auch in der cisterciensischen Lebensweise.

Schon 1113 wurde ein Frauenkloster gegründet, das mit Cîteaux in Verbindung stand: Jully-les-Nonnais. Gründer war die Abtei Molesme, aus der auch Cîteaux hervorgegangen war; es handelte sich um Benediktinerinnen, Molesme unterstehend, aber vermutlich cisterciensische Bräuche befolgend. 1125 folgt die Gründung von Tart, dem ersten eigentlichen Cistercienserinnenkloster, das aber nicht in den Orden inkorporiert wurde. Beide Klöster nahmen u.a. die Ehefrauen der Edlen auf, die Cistercienser wurden.

Anfang des 13. Jahrhunderts gab es 860 Cistercienserinnenklöster, wobei die meisten nicht rechtlich dem Orden unterstanden, aber die Gebräuche von Cîteaux befolgten. Cîteaux lehnte nämlich eine Aufnahme der Frauenklöster in den Orden ab, weshalb sie eine eigene Organisation, entsprechend der des Cistercienserordens, mit Filiation, Visitation und Äbtissinnenkapitel aufbauten. Um 1228 änderten die Verantwortlichen des Ordens ihre Haltung und entschieden, auch Frauenklöster aufzunehmen. Das kam bald darauf Lichtenthal zugute, das 1248, drei Jahre nach seiner Gründung, in den Cistercienserorden inkorporiert wurde. Nicht alle cisterciensischen Frauenklöster wollten jedoch die rechtliche Anbindung an Cîteaux, sondern viele zogen es vor, unabhängig zu bleiben.

Jedes inkorporierte Frauenkloster hatte einen Vaterabt, der für die jährliche Visitation, die Aufnahme von Schwestern und die Kontrolle der materiellen Verwaltung zuständig war. Mönche wurden Spiritual bzw. Beichtvater, auch sandte man Konversbrüder für die Arbeit. Die Nonnen lebten in strenger Klausur, und nicht einmal die Kirche war für die Öffentlichkeit zugänglich.

In dieser Abgeschiedenheit entfaltete sich oft ein intensives religiöses Leben. Der „Liebe zu Christus“ wurde nichts vorgezogen. Im späten Mittelalter entwickelte sich eine stark affektive Frömmigkeit; das Mitleben und Mitleiden mit Christus, dem Bräutigam der Seele, führte die Nonnen zu mystischen Erfahrungen seiner Gegenwart. Für sie war der dichte Vorhang, der zwischen unserer Erfahrung und der Welt Gottes steht, transparent geworden und gab ihnen einen Blick in die Ewigkeit frei.

Berühmt geworden sind die Frauen des Klosters Helfta bei Eisleben, das vor einigen Jahren wiederbesiedelt wurde. Sie schrieben ihre Erfahrungen auf und überlieferten sie uns, so dass sie uns heute noch zugänglich sind. An ihrer Seite stehen viele ungenannte Frauen, die in der Verborgenheit diesen mystischen Weg der Liebe gingen.

In Lichtenthal kam es nach guten Anfängen im 13. und frühen 14. Jahrhundert zu einer Zeit des Niedergangs im geistlichen Leben und der monastischen Disziplin im späten 14. Jahrhundert. Der Orden griff ein und veranlasste 1426 eine durchgreifende Reform durch Nonnen aus dem elsässischen Kloster Königsbrück unter der ersten „bürgerlichen“ Äbtissin Elisabeth Wies. In den folgenden Jahrzehnten zeugen zahlreiche Handschriften der Lichtenthaler „Schreibmeisterin“ Margaretha, genannt „Regula“, von einem Wiederaufblühen des klösterlichen Lebens im Geist der cisterciensischen Mystik.